あとになってからではやり直しができない、取り返しがつかない要素を紹介します。このゲームでは先に進むと、すぐに前の場所に戻れなくなるということが多いので、基本的に一期一会の感覚で臨みましょう。といってもイベント関連は少なく、取り返しのつかないことはほぼ皆無です。
■ 闇魔ファイルのコンプリート
先に進むと二度とエンカウントしなくなる敵がほとんど。中には召喚限定もいたりする。（参考：闇魔ファイルのリスト）
■ 最強の武器の入手
「メシスこうせき」を職人の村の武器屋に持っていくことで3人の最強装備「ゆうしゃのけん」「えいゆうのぼう」「きせきのゆみ」が手に入る。
職人の村へは最終盤でプラブルームの移動を行うと戻ることはできなくなる。プラブルームの移動は最強武器を手に入れてから、これを忘れずに。
■ 「あおいみ」を使うキャラ
魔法回数の上限を1上げることができる「あおいみ」は最大4個手に入る。誰に何個使うか、これはあまり悩まずにミキに全部使っていいと思う。
■ 魔法の書を使うキャラ
魔法を覚えることができる魔法の書は全部で6種。それぞれ1個しか手に入らないので、使用者を3人の中から選ぶことになる。ミキが自力習得するオーラ、ナォールはナオトかケンスケの2択。また「ミナオーラ」は魔法の書自体が取り逃す恐れのあるアイテムなので注意が必要だ。
基本的には誰に覚えさせてもいいが、「ミナオーラ」および「オーラ」の魔法はナオトとケンスケで分散して覚えさせたい。
理由はそれぞれのヒール系魔法の使用回数が無駄になってしまうから。使用機会の多いヒール系はパーティ全体で使える回数を少しでも増やしたい。3人がヒール系魔法を使えるようにしておこう。
厳密にいうとマイン系魔法も同様で、ナオトとケンスケがひとつでも覚えないと、ふたりのマイン系使用回数が無駄になってしまう。が、こちらは別にヒール系ほど重要ではないのでそこまで気にしなくてもいいだろう。普通にミキに全部覚えさせていい。
上記はあくまで方針のひとつなので、全ての魔法をミキに覚えさせて、魔道士にふさわしいキャラにするのも自由だ。
このほかにもアイテム関連では取り逃すともったいないものが多くあります。
詳しくは入手個数が限られたアイテムの項目を参照してください。