機体と武器はそれぞれ通常の改造値（最大で10段階）まで改造すると、フル改造ボーナスを選択することができる。フル改造ボーナスはそれぞれ9種あり、どれも強力な補正が付くが、そのうちの１つしか選ぶことはできない。
一度決定したボーナスは、その周回では変更することはできないが、次の周に入れば再び選択しなおすことができるので気軽に選ぼう。
■ ユニットフル改造ボーナス
ユニットによってどれを選んだらいいかは変わるが、オススメなのが「移動力+1」。地形適正をＳにするのも強力だが、強化パーツ「S-アダプター」を使えば、全ての適正をSにできるので、それを考えるともったいない。
他の最大値を上げるボーナスはユニットの改造で補えるので有難みが薄い。強いて言うなら、戦艦系などの元のＨＰが高いユニットには最大ＨＰ、マジンカイザーなどには装甲と、それぞれの長所を伸ばすような選択をしよう。
| ボーナス名 | 効果 |
|---|---|
| 最大HP+10％ | ユニットの最大HPを10％上昇させる |
| 最大EN+10％ | ユニットの最大ENを10％上昇させる |
| 装甲値+10％ | ユニットの装甲値を10％上昇させる |
| 運動性+10％ | ユニットの運動性を10％上昇させる |
| 移動力+1 | ユニットの移動力に+1する |
| 地形空中Ｓ | ユニットの空中適正を「Ｓ」にする |
| 地形陸上Ｓ | ユニットの陸上適正を「Ｓ」にする |
| 地形海中Ｓ | ユニットの海中適正を「Ｓ」にする |
| 地形宇宙Ｓ | ユニットの宇宙適正を「Ｓ」にする |
■ 武器フル改造ボーナス
これも地形適正系のボーナスは、わざわざ選ばなくてもいい。また命中やCT補正、ENに関しては改造で補えるので除外。となると射程か弾数のどちらかということになる。
これはそのユニットごとの武器に応じて決めていこう。射程+1はどのユニットにつけても損はしない。弾数×2はフルメタル・パニック！系やガンダムヘビーアームズ改などの弾数制限のある武器がメインのユニットに選択すると非常に有効。
| ボーナス名 | 効果 |
|---|---|
| 射程+1 | MAP兵器と射程1以外の武器の射程が+1される |
| 命中補正+20 | 全ての武器の命中補正が+20される |
| 消費EN-20％ | 武器のEN消費を20パーセント軽減 |
| 弾数×2 | 全武器残弾数が2倍になる |
| CT補正+20 | 全ての武器のCT補正が+20される |
| 地形空中Ｓ | 武器の空中適正を「Ｓ」にする |
| 地形陸上Ｓ | 武器の陸上適正を「Ｓ」にする |
| 地形海中Ｓ | 武器の海中適正を「Ｓ」にする |
| 地形宇宙Ｓ | 武器の宇宙適正を「Ｓ」にする |