研修医 天堂独太2はマルチエンディングで各カルテごとに3つ、全部で16のエンディングが存在する（カルテ5のみ4つあり）。基本的にはそれぞれのカルテごとに独立しているが、カルテ2のエンディングのみ、カルテ5のエンディングに影響する。
なお、カルテ5のエンディングは4つあるが、グッドエンドは由真、幸それぞれのエンドとも共通している。たとえば由真+グッドエンドをクリアすればグッドエンドをクリアしたのと同等の効果がある。つまり4つのエンディングがあっても実質的には3回クリア（由真、幸、バッド）すればOK。
全16種すべてのエンディングを見ると、おまけモードに「ギャラリー」が加わる。最短でも3周しなくてはならないのでかなり条件は厳しい。
| エンディング | 方法 |
|---|---|
| カルテ1：すれちがう命（全3種） | |
| グッドエンド | 真由の説得に成功し、猪瀬康一の手術を3分以内でクリア |
| 来生ラン死亡エンド | 真由の説得に成功し、猪瀬康一の手術を3分以上でクリア |
| 猪瀬康一死亡エンド | 真由の説得に失敗する |
| カルテ2：カッキー大好き！（全3種） | |
| 由真エンド | 直子の説得に成功し、彩美伊奈の手術を3分以内でクリアしている |
| 幸エンド | 直子の説得に成功し、彩美伊奈の手術を3分以上でクリアしている |
| 直子エンド | 直子の説得に失敗する |
| カルテ3：南の島の少女（全3種） | |
| ヒカルエンド | 大地の説得に成功し、ミニゲームで4000TEN以上獲得している |
| 自転車エンド | 大地の説得に成功し、ミニゲームで3999TEN以下獲得している |
| 不和エンド | 大地の説得に失敗する |
| カルテ4：キジムナー祭り（全3種） | |
| 香エンド | ミニゲームの満足度がMAXで、2つの手術を3分以内でクリア |
| ソラエンド | ミニゲームの満足度がMAXで、どちらか、あるいは両方の手術を3分以上でクリア |
| 雫エンド | ミニゲームの満足度がMAXではない |
| カルテ5：聖夜の奇跡（全4種） | |
| 由真+グッドエンド | 鈴の説得、沢井恭介の手術に成功し、深雪に【食堂の回数券】を使っている |
| 幸+グッドエンド | 鈴の説得、沢井恭介の手術に成功し、深雪に【ブタのマスコット】を使っている |
| グッドエンド | 鈴の説得、沢井恭介の手術に成功し、深雪に上記以外を使っている |
| バッドエンド | 鈴の説得に失敗するor沢井恭介の手術に失敗する |