| 選択 | 男主人公を選択
↓ | 女主人公を選択
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| 第1話 | 降ってきた「災厄」？ | ナデシコ発進 |
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| 第2話 | 目的地、火星！ | vs地球連合軍 |
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| 第3話 | 彼の名はエイジ
■グライムカイザル【ゲイル】加入フラグ1 |
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| 第4話 | さよならの赤い星
■グライムカイザル【ゲイル】加入フラグ2,3 |
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| 第5話 | 変転する運命 |
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| 第6話 | 崩壊の大地 前編 |
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| 第7話 | 崩壊の大地 後編 |
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| 第8話 | 敵軍の歌姫 前編 |
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| 第9話 | 敵軍の歌姫 後編 |
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| 第10話 | 闇の胎動 |
| ↓ | アークエンジェルに乗艦
↓ | ナデシコに残る
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| 第11話 | 砂漠の虎
■I.W.S.P加入フラグ1 | 敵の新型兵器を叩け！ |
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| 第12話 | 燃える砂塵の中で | 兜甲児、死す！？ |
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| 第13話 | 深海を発して | ２体の魔神
■グレートゼオライマー加入フラグ1,2 |
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| 第14話 | 蒼き流星となって
■グライムカイザル【ゲイル】加入フラグ4 | さらなる脅威、新たなる力 |
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| 第15話 | それぞれの想い、それぞれの決意 | あの「忘れ得ぬ日々」 |
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| 第16話 | ブレンパワード |
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| 第17話 | ウィスパード 前編 |
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| 第18話 | ウィスパード 後編 |
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| 第19話 | 策謀する者たち |
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| 第20話 | 「真実」は一つじゃない
■ブラッディカイザル【ジュリア】加入フラグ1 |
| ↓ | 地上に残る
↓ | 月へ向かう
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| 第21話 | オルファンの抗体
■グレートゼオライマー加入フラグ3 | これは「僕たちの戦争」だ 前編
■ガイ生存フラグ1 |
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| 第22話 | ダブルリバイバルて | これは「僕たちの戦争」だ 後編 |
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| 第23話 | 超電磁合体不能！ | 華麗なるル・カイン |
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| 第24話 | ベヘモス
■ボン太くん加入フラグ1 |
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| 第25話 | 血を分けた悪魔 前編 |
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| 第26話 | 血を分けた悪魔 後編 |
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| 第27話 | 浮上
■ブラッディカイザル【ジュリア】加入フラグ2 |
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| 第28話 | カーテンの向こうで |
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| 第29話 | 地獄城の激闘！
■グレートゼオライマー加入フラグ4
■ボン太くん加入フラグ2 |
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| 第30話 | 奪われた女神
■ボン太くん加入フラグ3 |
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| 第31話 | さだめの楔 |
| ↓ | 残留する
↓ | 北米へ向かう
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| 第32話 | 怨念の終焉
■グレートゼオライマー加入フラグ5,6 | 戦慄！ ５人のテッカマン
■Xエステバリス加入
■「変形型」を選択すればレイズナーmk2加入。 |
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| 第33話 | 対決！ デビルガンダム軍団！ |
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| 第34話 | 真実の侵略者
■テッカマンレイピア【レイピア】加入フラグ1
■フラグ1,2,3を満たせばボン太くん加入 |
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| 第35話 | 慟哭の空
■ブラッディカイザル【ジュリア】加入フラグ3
■フラグ1,2,3,4,5,6を満たせばグレートゼオライマー加入 |
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| 第36話 | ボソンジャンプ
■テッカマンレイピア【レイピア】加入フラグ2 |
| ↓ | アラスカ基地に向かう
↓ | 和平交渉に向かう
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| 第37話 | 舞い降りる剣
■I.W.S.P加入フラグ2 | 故郷と呼べる場所 |
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| 第38話 | 道を選ぶとき
■ノーベルガンダム【アレンビー】加入フラグ1
■フラグ1,2を満たせばI.W.S.P加入 |
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| 第39話 | 消えない灯火、消える命
■フラグ1,2,3,4を満たせばグライムカイザル【ゲイル】加入
■フラグ1,2,3を満たせばブラッディカイザル【ジュリア】加入 |
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| 第40話 | すれ違う運命 |
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| 第41話 | 涙の兄弟拳！ 当方不敗暁に死す
■ノーベルガンダム【アレンビー】加入フラグ2
■フラグ1,2を満たせばノーベルガンダム【アレンビー】加入 |
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| 第42話 | その男の狂気 |
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| 第43話 | Darkside Of The Moon
■フラグ1,2を満たせばテッカマンレイピア【レイピア】加入 |
| ↓ | ラダム討伐に向かう
↓ | 和平交渉に向かう
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| 第44話 | 螺旋の邂逅 | どこにでもある「正義」
■フラグ1を満たせばガイ生存 |
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| 第45話 | 闇と死の運命
■条件を満たせばバルザック生存 | たった一つの「冴えたやり方」？ |
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| 第46話 | 破滅への道 |
| ↓ | 宇宙に残る
↓ | 地球に降りる
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| 第47話 | 終末の光 前編 | 動く山脈 |
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| 第48話 | 終末の光 後編 | 飛翔 |
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| 第49話 | 憎悪の果て |
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| 第50話 | 百億の夜と千億の闇 |
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| 第51話 | 冷たい世界 前編 |
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| 第52話 | 冷たい世界 後編 |