地面を穴掘りアイコンを使って掘ると、化石が出土することがある。発見した化石は自動的に市街地の博物館で展示されるので、自分の手持ちにストックしたりはできない。 化石は主に4マス分の大きさで、8マスや12マスの大きいものも一部ある。基本的には地面にバツ印のようなものがあるところを掘れば出てくるが、白虎道の恐竜の骨格はノーヒント。村から入ってまっすぐ進んだところの大きなスペースを手当たり次第掘ってみよう。 またバツ印は木陰に隠れて見えずらいところもある。

　発掘ポイントは全56箇所。
　発掘するたびにディグ・ハンターのパーセンテージが上昇し、56箇所全てを発見すると、100パーセントとなる。注意したいのは「ククルーマウンテン」にある3箇所の発掘ポイント。 ここに行くことができるのはゾルディック家編のシナリオのみ。ククルーマウンテンに行くタイミングでこの3つを忘れずに掘っておこう。忘れると100パーセントを諦めることになる。そこ以外は全クリ後でも大丈夫。

化石の発掘場所とポイント数
■ ホーム地方
A・自宅（4） / B・街道（6） / F・遺跡（2） / G・牧場（2）
■ バーツビック地方
A・村下（4） / B・村上（4） / C・白虎道（8） / D・朱雀沼（7） / E・団子屋（3） / F・青龍川（5） / G・広場（3） / H・魚屋（1） / I・玄武山（4）
■ その他
ククルーマウンテン（3）