機体の改造

どのユニットも改造によって得られる効果は同じ。そのため初期能力が高いものは、同じ段階だけ改造した場合、やはり初期能力が高いユニットのほうが強くなる。1周目は各ユニットごとに改造段階が決められており、弱いユニットほど改造段階が多い傾向にある。そのため、1周目に限れば初期能力が弱いユニットも改造段階が多いおかげで活躍することができる。全ユニットが15段階改造ＯＫになる2周目以降は、当然強いユニットを改造したほうがお得だ。

どの項目をどれだけ改造するかはユニットにもよるが、ENを使用する武器を持つユニットならば、改造資金の少ないEN改造を早めにマックスにしておいてもいい（特にスーパー系ユニット）。ガンダム系やドラグナー系は運動性をメインに上げていきたい。パイロットの能力と相まって、敵の攻撃がほとんど当たらなくなっていく。改造資金は高いが、お金をかけるだけの価値はある。

武器の改造

武器は各ユニットの武器を個別に改造していく必要がある。改造資金も高いので、よく使う武器を中心に改造していきたい。これも機体と同じくどのユニット、武器でも上昇する数値は同じなので、初期能力の高い武器のほうが強くなる。

武器によって改造資金が3タイプあり、安く済むものと高くつくものがある。ただし、どれもプラスされる数値は同じ。

Ｇガンダム系ユニットのスーパーモードのときのみ使用できる武器は改造で上げることはできず、パイロットのレベルによって攻撃力が上昇する。最終的には通常の15段階改造より高い上昇率になる。該当する武器以下のとおり。

■ ゴッドガンダムH・・ゴッドフィールドダッシュ、超級覇王電影弾、爆熱ゴッドスラッシュ、爆熱ゴッドフィンガー、石破天驚拳
■ シャイニングガンダムS・・シャイニングフィンガーソード
■ ガンダムマックスターS・・豪熱マシンガンパンチ
■ ドラゴンガンダムS・・真・流星胡蝶剣
■ ガンダムローズS・・ローゼスハリケーン
■ ボルトガンダムS・・ガイアクラッシャー
■ マスターガンダムS・・石破天驚拳

シールドの改造

シールドは実質的にHPとほとんど同じ効果を持つので、ＨＰを改造するよりも安く上がるこちらを重点的に改造してもいいだろう。なお1周目の最高改造段階は武器と同じ。