もちろん今回もクリア後の特典はある。これによって２周目以降のプレイが簡単になり、見逃がしてしまったイベントを消化するのにとても便利。２周目のみならず、３周目、４周目と周回を重ねることによってどんどん特典が増えていくので、何度もクリアを目指そう。飽きとの勝負だ。
クリア特典一覧
■ 総資金の持ち越し
・ クリア時に持っていた総資金を全て次プレイに持ち越せる。
・ 但し、強化パーツやスキルパーツは持ち越しされず、また換金されないので、最大限に活用したい場合は最終面前のインターミッションで売却したほうがいい。
■ 撃墜数の持ち越し
・ 各キャラクターの撃墜数がそのまま持ち越せる。よって普段使わないキャラクターの100機撃墜も可能に。
■ 改造値の持ち越し
・ チューンナップした各機体の改造値がそのまま持ち越せる。何周も繰り返せば最初からフルスペックも夢じゃない。ただし、フル改造ボーナスの変更は効かないので注意。
・ 主人公機は同機体以外は持ち越せない。つまりクストウェルをいくら改造してもベルゼルート等には影響しない。ただし、１周目でクストウェルを使い、２周目でベルゼルート（改造値は引き継がれない）、３週目でクストウェルを使用した場合、１周目の改造値の引継ぎはされる。つまり各主人公機は別々の存在だと思おう。
■ ボーナスポイントの持ち越し
・ 割り振った分、または割り振らない分も含めて全て持ち越し。レベル１から強いキャラクターが続々誕生する。
・ これも男と女の主人公は別々であり、いくら片方を育ててももう片方には影響しない。なお、ボーナスポイントのMAX数値は255である。
■ BGMが全登録可能
・ 最初から全てのBGMが登録可能になる。ただし、主人公は男と女の２バージョンがあるので、正確には最低２周しないとコンプリートはできない。
■ 主人公の精神コマンドの変更
・ 開始時に主人公の精神コマンド６種を好きなものに変えられる。
■ 敵の強さを変更
・ 敵の改造値を変更できる。改造値は１週ごとに３つずつ増加し、最大で２０まで。
・ 何週もすればいやでも味方が強くなってしまうので、それに応じて敵を強くしたり、また味方の圧倒的な強さを際立たせるために、敵を弱いままにしたり。
■ お気に入り作品の持ち越しと追加
・ 新たに３つのお気に入り作品を選べる。以前選んだものはそのまま。全13作品あるので５周目で全ての作品をお気に入りにできる。
・ で、全てをお気に入りにした５周目以降は全作品のユニットと武器の20段階改造が可能になる。さらに全作品の経験値、獲得資金が1.5倍になる。
■ 後期主人公機の追加武器
・ 各パートナー特有の追加武器の引継ぎが可能（もちろん、それぞれの条件を満たした場合）。
・ これは主人公の性別、機体によって影響されない。
■ 主人公機にアレが追加
・ クストウェル、ベルゼルート、グランディードに加えもう１機、ヴォルレントが使用可能になる。
・ その条件は上記の全３機体を全て使うこと。性別に影響はされないので、最速４周目からヴォルレントを使うことができる。