進化するポケモン
ポケモンはレベルが上がると進化して、姿かたちが変わる。進化したポケモンは総じてもとのポケモンより強く、冒険を楽に進めるため、ポケモンずかんを完成させるためには積極的に進化をして行こう。
進化させるための条件には「レベルを上げる」「特定のアイテムを使う」「通信をする」といったものがある。
レベルを上げて進化させるのが基本。ちなみに進化途中でBボタンを押せば進化キャンセルが起こる。ポケモンは進化するとわざの覚えるレベルが遅くなったりするのであえて進化をさせないのも手ではある。次のレベルになったら、また進化が始まるので安心しよう。
通信交換をすることで進化するポケモンは、ひとりではもうどうしようもない。また特定のポケモンに特定のアイテムを持たせて通信交換することで進化するポケモンもいる。
アイテムを使う進化
| アイテム名 | 進化するポケモン |
| ほのおのいし | ロコン |
| みずのいし | ハスブレロ/ヒトデマン |
| かみなりのいし | ピカチュウ |
| リーフのいし | コノハナ/クサイハナ |
| たいようのいし | クサイハナ |
| つきのいし | エネコ/プリン |
※ 「つきのいし」は基本１つしか手に入らない。そのため、エネコかプリン、どちらかを進化させるか選ばなければならないが、【サファイア】バージョンのみ、やせいの「ルナトーン」が所持している場合があるので、いくつでも手に入る。
通信で進化（通常以外は全国図鑑入手後に可能）
| 備考 | 進化するポケモン |
| 通常 | ユンゲラー/ゴーリキー/ゴローン |
| +りゅうのウロコ | シードラ |
| +しんかいのキバ | パールル |
| +しんかいのウロコ | パールル |
※ 「しんかいのキバ」か「しんかいのウロコ」はどちらか１つしか手に入らない。そのため、パールルを「ハンテール（キバ）」「サクラビス（ウロコ）」のどちらかしか入手することができない。
その他の進化
| なつき度が一定値以上でレベルアップで進化 |
| ゴルバット |
| うつくしさが一定値以上でレベルアップで進化 |
| ヒンバス |
進化一覧
| 第1形態 | ⇒進化条件 | 第2形態 | ⇒進化条件 | 第3形態 |
| キモリ | LV:16 | ジュプトル | LV:36 | ジュカイン |
| アチャモ | LV:16 | ワカシャモ | LV:36 | バシャーモ |
| ミズゴロウ | LV:16 | ヌマクロー | LV:36 | ラグラージ |
| ポチエナ | LV:18 | グラエナ | | |
| ジグザグマ | LV:20 | マッスグマ | | |
| ケムッソ | LV:7 | カラサリス | LV:10 | アゲハント |
| LV:7 | マユルド | LV:10 | ドクケイル |
| ハスボー | LV:14 | ハスブレロ | みずのいし | ルンパッパ |
| タネボー | LV:14 | コノハナ | リーフのいし | ダーテング |
| スバメ | LV:22 | オオスバメ | | |
| キャモメ | LV:25 | ペリッパー | | |
| ラルトス | LV:20 | キルリア | LV:30 | サーナイト |
| アメタマ | LV:22 | アメモース | | |
| キノココ | LV:23 | キノガッサ | | |
| ナマケロ | LV:18 | ヤルキモノ | LV:36 | ケッキング |
| ケーシィ | LV:16 | ユンゲラー | 通信交換 | フーディン |
| ツチニン | LV:20 | テッカニン | | |
| ゴニョゴニョ | LV:20 | ドゴーム | LV:40 | バクオング |
| マクノシタ | LV:24 | ハリテヤマ | | |
| トサキント | LV:33 | アズマオウ | | |
| コイキング | LV:20 | ギャラドス | | |
| ルリリ | なつき度一定以上 | マリル | LV:18 | マリルリ |
| イシツブテ | LV:25 | ゴローン | 通信交換 | ゴローニャ |
| エネコ | つきのいし | エネコロロ | | |
| ズバット | LV:22 | ゴルバット | なつき度一定以上 | クロバット |
| メノクラゲ | LV:30 | ドククラゲ | | |
| ココドラ | LV:32 | コドラ | LV:42 | ボスコドラ |
| ワンリキー | LV:28 | ゴーリキー | 通信交換 | カイリキー |
| アサナン | LV:37 | チャーレム | | |
| ラクライ | LV:26 | ライボルト | | |
| コイル | LV:30 | レアコイル | | |
| ビリリダマ | LV:30 | マルマイン | | |
| ナゾノクサ | LV:21 | クサイハナ | リーフのいし | ラフレシア |
| たいようのいし | キレイハナ |
| ドード | LV:31 | ドードリオ | | |
| ゴクリン | LV:26 | マルノーム | | |
| キバニア | LV:30 | サメハダー | | |
| ホエルコ | LV:40 | ホエルオー | | |
| ドンメル | LV:33 | バクーダ | | |
| マグマッグ | LV:38 | マグカルゴ | | |
| ベトベター | LV:38 | ベトベトン | | |
| ドガース | LV:35 | マタドガス | | |
| バネブー | LV:32 | ブーピッグ | | |
| サンド | LV:22 | サンドパン | | |
| ナックラー | LV:35 | ビブラーバ | LV:45 | フライゴン |
| サボネア | LV:32 | ノクタス | | |
| チルット | LV:35 | チルタリス | | |
| ドジョッチ | LV:30 | ナマズン | | |
| ヘイガニ | LV:30 | シザリガー | | |
| ヤジロン | LV:36 | ネンドール | | |
| リリーラ | LV:40 | ユレイドル | | |
| アノプス | LV:40 | アーマルド | | |
| ププリン | なつき度一定以上 | プリン | つきのいし | プクリン |
| ヒンバス | うつくしさ一定以上 | ミロカロス | | |
| ヒトデマン | みずのいし | スターミー | | |
| カゲボウズ | LV:37 | ジュペッタ | | |
| ヨワマル | LV:37 | サマヨール | | |
| ロコン | ほのおのいし | キュウコン | | |
| ピチュー | なつき度一定以上 | ピカチュウ | かみなりのいし | ライチュウ |
| コダック | LV:33 | ゴルダック | | |
| ソーナノ | なつき度一定以上 | ソーナンス | | |
| ネイティ | LV:25 | ネイティオ | | |
| ゴマゾウ | LV:25 | ドンファン | | |
| サイホーン | LV:42 | サイドン | | |
| ユキワラシ | LV:42 | オニゴーリ | | |
| タマザラシ | LV:32 | トドグラー | LV:44 | トドセルガ |
| パールル | しんかいのキバ | ハンテール | | |
| しんかいのウロコ | サクラビス | | |
| チョンチー | LV:27 | ランターン | | |
| タッツー | LV:32 | シードラ | りゅうのウロコ | キングドラ |
| コモルー | LV:30 | コモルー | LV:50 | ボーマンダ |
| ダンバル | LV:20 | メタング | LV:45 | メタグロス |