各町のポケモンセンターの２階では通信対戦や交換、きのみクラッシュなどが楽しめる。ただし、最低でももう１台のソフトと本体、それに通信ケーブルかワイヤレスアダプタが必要となる。
◆ 通信対戦
【ファイアレッド・リーフグリーン】【ルビー・サファイア】【エメラルド】の各ソフトと対戦できる。バトル形式は三種類あり、また共通のルールが存在する。
■ シングルバトル
基本的なバトル方式。２人のプレイヤーが最大６匹のポケモンを使い対戦する。
■ ダブルバトル
２対２で対戦する方式。２人のプレイヤーが最大６匹のポケモンを使う。
■ ダブルバトル
４人のプレイヤーが２チームに分かれてダブルバトルを行う。ひとりが参加させられるポケモンは３匹。
⇒ 共通ルール
● 「にげる」を選ぶとギブアップ。
● 「どろぼう」「ほしがる」といった技で盗んだアイテムは、バトル終了後にそれぞれの手持ちに戻る。
● レベルに制限はない。
● 「どうぐ」のコマンドは一切使用不可能。
◆ 通信交換
お互いのポケモンを交換する。ポケモンにどうぐを持たせれば、どうぐの交換も行う。
ポケモンずかんの完成には欠かせず、この通信でしか進化しないポケモンもいる。【ファイアレッド・リーフグリーン】のほか【ルビー・サファイア】【エメラルド】のソフトとも交換できる。
ただし、【ルビー・サファイア】【エメラルド】と交換するためには、ナナシマの通信機器が完成していることが条件。【ファイアレッド・リーフグリーン】でも、一部のポケモンは最初は交換できない。
具体的にいうと、カントーのポケモン以外は、全国図鑑を入手するまでは交換できない。
◆ きのみクラッシュ
ハナダシティで「こないれ」を入手し、かつきのみを持っていれば挑戦できる。プレイ人数は２〜５人。
きのみを粉にすることができ、集めた粉の量に応じて、ハナダシティでアイテムと交換できる。
⇒ 関連項目：スロットと粉の景品
クラッシュでできる粉の量はきのみによって違う。基本的にナンバーが高いほど、多くの粉を入手できるが、その分砕くまで時間がかかる。
終了後、押した回数などのランキングが発表されるが、ランキングの順位にかかわらず、各プレイヤーの入手できるこなの量は同一。
| 最大粉量 | きのみ名 |
|---|---|
| クラボのみ / カゴのみ / モモンのみ / チーゴのみ / ナナシのみ | |
| ヒメリのみ / オレンのみ / キーのみ / ラムのみ / オボンのみ | |
| フィラのみ / ウイのみ / マゴのみ / バンジのみ / イアのみ | |
| ズリのみ / ブリーのみ / ナナのみ / セシナのみ / バイルのみ | |
| ザロクのみ / ネコブのみ / タボルのみ / ロメのみ / ウブのみ | |
| マトマのみ / モコシのみ / ゴスのみ / ラブタのみ / ノメルのみ | |
| ノワキのみ / シーヤのみ / カイスのみ / ドリのみ / ベリブのみ |