シオンタウン
※ 情報収集。ポケモンタワーは現時点では途中までしか進めない。次は西にある8ばんどうろへ行き、そこから地下通路をとおり、タマムシシティへ。
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タマムシシティ
● タマムシマンションの裏口から入って最上階へ行くと、「イーブイ」を手に入れることができる。
● 食堂にいるおじさんから『コインケース』を入手。
● ポケモンジムでエリカとポケモンバトル。『レインボーバッジ』と『わざマシン21』を入手。
● デパートの屋上の自販機から『おいしいみず』を購入（他の飲み物でもいい）。
● ゲームコーナーの壁に貼ってあるポスターを調べ、アジトの中へ入る。
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ゲームコーナーちか
● 地下4階でロケットだんとポケモンバトル。『エレベータのカギ』を入手。
● 地下4階でロケット団員とポケモンバトル。（特殊ロケット団員戦その2）
● 地下4階でサカキとポケモンバトル。『シルフスコープ』を入手。
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7ばんどうろ
● 警備員に『おいしいみず』をわたし、ヤマブキシティの中に入れるようにする。
※ 7ばんどうろである必要はないが、タマムシシティの東にある7ばんどうろが一番近い。
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ヤマブキシティ
● 格闘道場でかくとうおうとポケモンバトル。「サワムラー」か「エビワラー」を入手。
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ポケモンタワー（シオンタウン）
● 6階でガラガラとポケモンバトル。
● 7階でロケット団員とポケモンバトル。（特殊ロケット団員戦その3）
● 7階でフジ老人に話しかけ、『ポケモンのふえ』を入手。
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シルフカンパニー（ヤマブキシティ）
● 5階で『カードキー』を入手。
● 7階でライバルとポケモンバトル。『ラプラス』がもらえる。
● 11階でロケット団員とポケモンバトル。（特殊ロケット団員戦その4）
● 11階でサカキとポケモンバトル。社長から『マスターボール』を入手。
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ヤマブキシティ
● ポケモンジムでナツメとポケモンバトル。『ゴールドバッジ』と『わざマシン46』を入手。
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サファリゾーン（セキチクシティ）
● 第3エリアで『きんのいれば』を入手。
● 第3エリアの奥の小屋で『ひでんマシン03』を入手。
※ セキチクシティにはタマムシシティ西の16ばんどうろ、あるいはシオンタウン南の12ばんどうろから行く。
どちらの場合もポケモンのふえでカビゴンと戦闘する必要がある。カビゴンはこの2体しか出てこないので、1体は捕まえておきたい。なお、16ばんどうろでは『ひでんマシン02』を、12ばんどうろでは『すごいつりざお』を入手できる。
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セキチクシティ
● 釣りオヤジの兄から『いいつりざお』を入手。
● 園長に「きんのいれば」を渡し、『ひでんマシン04』を入手。
● ポケモンジムでキョウとポケモンバトル。『ピンクバッジ』と『わざマシン06』を入手。
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むじんはつでんしょ
● 伝説のポケモン「サンダー」を捕まえる。
※ ハナダシティ東の9ばんどうろ、10ばんどうろから来ることができる。途中で「なみのり」が必要。
※ クリアには関係ないので、サンダーがいらなければ来る必要はない。サンダーは逃すと二度と手に入らない。
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ふたごじま
● 通り抜けて、グレンじまへ。
※ ふたごじまへはセキチクシティ南の19ばんすいどうから、「なみのり」をつかうことによっていくことができる。グレンじまへは、そのほかにマサラタウン南の21ばんすいどうを使う手もある。こちらはふたごじまを経由しないので、すぐに到着する。
※ 地下4階では伝説のポケモン「フリーザー」を捕まえることができる。フリーザーはサンダーは逃すと二度と手に入らない。
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グレンタウン
● ポケモンやしきへ進む。
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ポケモンやしき
● 地下1階で『ひみつのカギ』を入手。
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グレンタウン
● ポケモンジムでカツラとポケモンバトル。『クリムゾンバッジ』と『わざマシン38』を入手。
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トキワシティ
● ポケモンジムでサカキとポケモンバトル。『グリーンバッジ』と『わざマシン27』を入手。
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22ばんどうろ
● ライバルとポケモンバトル。
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チャンピオンロード
● 通り抜ける。
※ ここでは伝説のポケモン「ファイヤー」を捕まえることができる。ファイヤーは逃すと二度と捕まえることができない。
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セキエイこうげん
● カンナ、シバ、キクコ、ワタル、ライバルと5連続でポケモンバトル。
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エンディング
● 自動的にセーブされる。新しく始めるとミュウツーのいる「ハナダの洞窟」に挑戦できる。
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ハナダのどうくつ
● 伝説のポケモン「ミュウツー」を捕まえる。
※ ハナダのどうくつは、ハナダシティの北西から「なみのり」に乗っていく。